В 3 сезоне сериала «Морская полиция: Спецотдел» вся команда шокирована последними событиями. Гиббс собирается воплотить в жизнь план кровавой мести. Он не оставит убийство Кейт безнаказанным. Члены команды бросают все силы на то, чтобы найти Ари – человека, ответственного за гибель их коллеги. История осложняется из-за вмешательства бывшей возлюбленной Гиббса. Кроме того, у команды появляется новый директор – Дженни Шепард, а также к группе присоединяется работник Моссада Зива Давид. Детективы устраивают допрос приговоренному к смертной казни маньяку Кайлу Буну. Им необходимо выяснить у него, куда он спрятал трупы жертв.