Во 2-м сезоне сериала «Чудо-доктор» продолжается история сироты Али Вефа, гениального врача с синдромом саванта, который сумел воплотить свою мечту и стать успешным хирургом. Но теперь Али столкнулся с трудностями. Он пытается привыкнуть к патологии. Назлы больше не будет помогать ей вернуться в профессию. В то же время к пациентом с необычайно опухолью бьется вся бригада. Но удалить опухоль, не лишив жизни человека, кажется невозможным. Главный герой понимает, что он должен совершить невозможное, если хочет вернуться в хирургию. Для этого ему нужно сделать то, чего он никогда не делал раньше.