Во 2-м сезоне сериала «Шифр» продолжается история о гениальном дешифровщике по имени Уилл, которому предстоит столкнуться с множеством испытаний на своем пути. Напомним, его история началась с обнаружения загадочного документа, который начальство ФБР попросило расшифровать. Уиллу удалось установить, что это список предполагаемых жертв. После череды смертей сотрудников секретной службы охватила атмосфера ужаса и подозрения. Уилл понимает, что каждый из его коллег может оказаться не тем, за кого себя выдает. Отныне жизнь Уилла и его близких в опасности, поскольку владельцы документа начали на него охоту.