В 3 сезоне сериала «Скорпион» атмосфера внутри команды накаляется. Проблема заключается в напряженных отношениях между двумя парами: Уолтером и Пейдж, а также Тоби и Хэппи. Но агентам приходится забыть о своих личных конфликтах, чтобы оказать содействие американским ВМС, у которых вышла из строя система контроля над военной техникой. Теперь ими управляют компьютерные взломщики. Они направили истребители друг на друга. Кроме того, хакеры совершили кибератаку на несколько кораблей в разных частях страны.