В 6 сезоне сериала «Секретные материалы» доблестные Фокс Малдер и Дана Скалли вновь приступают к расследованию мистических явлений. Однако это происходит не сразу – сначала им придется пережить расставание друг с другом и отстранение от дел. Малдер столкнется с психологическим заболеванием, которое вынудит его прибегнуть к услугам агента Фоули. Дане и Фоксу предстоит выяснить чудовищную правду о деятельности Синдиката и колонизации пришельцев. Заместитель директора Керш предоставляет Скалли возможность снова начать расследовать важные дела. Но для этого ей придется распрощаться со своим напарником Фоксом. Скалли едет в Нью-Йорк.