Действие фильма происходит в России во времена царствия Бориса Годунова. Когда-то безродный сирота, усыновленный помещиком, он выгодно женился на дочери Малюты Скуратова, любимчика царя Ивана Грозного, и начал быстро карабкаться вверх по дворцовой лестнице.

Шагая по головам, Годунов наконец добрался до престола, но вдруг у него появился новый соперник – самозванец, выдающий себя за сына Ивана, царевича Дмитрия, выжившего при покушении в Угличе. Что Годунов станет делать, когда армия Лжедмитрия доберется до Москвы?

Фильм основан на одноименной исторической драме Александра Пушкина о семи годах правления царя Бориса Годунова.

Сергей Бондарчук, режиссер фильма, сам выступил в роли царя Бориса. Бондарчук играл главные (реже – второстепенные) роли во всех своих фильмах, за исключением картин «Ватерлоо» и «Красные колокола», основные роли в которых исполняют американцы и мексиканцы соответственно.

Хотя фильм создан киностудией Мосфильм, большинство исторических сцен было снято знаменитым оператором Вадимом Юсовым в Чехословакии и Польше.

«Борис Годунов» стал последней картиной Бондарчука, попавшей на киноэкраны при его жизни. Выход фильма был большим разочарованием: при большом бюджете и масштабности он не снискал особой любви зрителей или кинокритиков.