Миссия по восстановлению связи с колонистами на Ахероне предсказуемо провалена — Рипли и нескольким ее спутникам еле удалось унести ноги с проклятой планеты ксеноморфов. На борту корабля “Сулако” обнаруживается лицехват, и столкновение с личинкой приводит к тому, что космический борт терпит крушение, а его немногочисленный экипаж оказывается на Фиорине-161. Это планета-тюрьма, где содержатся опасные преступники, отбывающие наказание за тяжкие преступления. Но это не единственная опасность, которая поджидает Рипли. 

При осмотре разрушенной спасательной шлюпки Рипли замечает следы кислотной крови Чужого. Но тела твари нигде нет, и Эллен понимает, что Лицехвату, скорее всего, удалось выжить, а это значит, что очень скоро он найдет себе новую жертву, которая станет носителем для очередного монстра. Заключенные не верят рассказам Рипли о чужих, не осознавая, какая угроза нависла над всеми. Для Чужого Фиорина-161 — идеальное место охоты, ведь у ее обитателей нет никакого оружия, а многочисленные вентиляционные шахты позволяют скрытно перемещаться и внезапно нападать на своих жертв. 
 

Первоначальный бюджет фильма составлял 45 миллионов долларов, но в процессе производства он вырос до 65 миллионов. 

Первый фильм серии, в котором можно увидеть, как Чужой поедает своих жертв.

Когда Дэвид Финчер спросил Сигурни Уивер, что она думает о том, чтобы побриться налысо ради роли, она ответила: «Всё в порядке до тех пор, пока мне платят больше денег!»

Всерьез обсуждался вопрос о том, будет ли в этом фильме фигурировать персонаж Эллен Рипли. В итоге на ее появлении настоял тогдашний президент компании “Двадцатый век Фокс” Джо Рот.

Если не считать появляющегося в сильно поврежденном состоянии Бишопа, “Чужие 3” — это единственный фильм в квадрологии без своего уникального персонажа-андроида.  

В какой-то момент продюсеры фильма запретили Дэвиду Финчеру снимать важную (с точки зрения режиссера) сцену с участием Рипли и Чужого, события в которой  происходят в подземном строении тюрьмы. Финчер отказался следовать их указаниям и все равно снял сцену. В итоге она вошла в финальную версию фильма.

Семь миллионов долларов было потрачено на декорации, которые в итоге не использовались. Так произошло из-за ежедневно меняющегося сценария. Случалось, что актеры и съемочная группа снимали сцену, а на следующий день узнавали, что она убрана из сценария. 

Режиссер оригинального фильма «Чужой» Ридли Скотт отказался роли постановщика, поскольку считал, что третий фильм должен рассказывать о происхождении ксеноморфов. Продюсеры сочли эту концепцию слишком дорогой, поскольку большинство визуальных эффектов в то время все еще приходилось делать вручную, а не с помощью компьютеров. В конце концов Скотт воплотил свои желания в жизнь, сняв фильмы «Прометей» и «Чужой: Завет».

Режиссер-дебютант Дэвид Финчер отрекся от фильма, заявив в интервью “Guardian”: «Мне пришлось работать над ним два года, меня трижды увольняли, и мне приходилось бороться за каждую мелочь. Никто не ненавидел его больше. чем я; и по сей день никто не ненавидит его больше, чем я». По его словам, студия регулярно вмешивалась в творческий процесс, а он сам не принимал участия в финальном монтаже.

Майкл Бин заявил в интервью, что его глубоко ранит то, как было решено избавиться от его персонажа из фильма «Чужие», капрала Дуэйна Хикса. Он заявил, что не возражает против смерти Хикса как таковой, но возражает против той небрежности, с которой это было сделано. Он запретил использовать манекен трупа с его внешностью, но позволил создателям использовать его фотографию.