Действие фильма разворачивается в середине XIX века. В центре его сюжета находится таинственная фигура бедного дворянина Педро да Силвы. Главные герои картины, его священник, возлюбленная, сын и убийца, тщетно пытаются сложить воедино кусочки пазла, чтобы пролить свет на исчезновение да Силвы, и каждый из них рассказывает свою историю. В Португалии, Франции, Италии и Бразилии, где бы ни ступала нога Педро, как цветы расцветают загадки и интриги, которые в конце концов приводят к краху главных героев.

• Фильм создан по мотивам одноименного романа Каштелу Бранку.
• Перед тем, как их объединили в единый фильм, «Лиссабонские тайны» были показаны по телевидению, разделенные на шесть эпизодов согласно своим временным и географическим линиям. Всего фильм длится более четырех часов.
• Картина снята в обычном стиле португальского режиссера Рауля Руиса и представляет собой многоуровневую структуру, в которой запутанные сюжетные линии ведут в никуда, а персонажи оказываются не теми, кем кажутся на первый взгляд.
• Это последняя работа Руиса, вышедшая при его жизни: последующие произведения режиссера, «Ночь напротив» и «Блуждающая мыльная опера», были смонтированы его супругой уже после его смерти.