В 1937 году Япония вторгается в Китай, начиная Вторую японо-китайскую войну. В декабре японская императорская армия захватывает столицу Китая Нанкин и устраивает там страшную резню. Когда японцы нападают на китайскую армию, группа испуганных китайских школьниц сбегает в святилище монастыря в местном римско-католическом соборе, управляемом Западом.

Джон Миллер, американский гробовщик, которому нужно похоронить главного священника, присоединяется к девушкам. Он находит Джорджа, мальчика-сироту, которого умерший священник вырастил и обучил английскому языку. Вскоре к ним присоединяется группа проституток, которые прячутся в подвале в поисках убежища. Притворившись священником, Миллер пытается уберечь всех своих новых подопечных, пытаясь починить монастырский грузовик, чтобы они могли сбежать из столицы.

В конце концов собор окружает японская армия. Японский полковник Хасэгава требует выдачи девушек, и Миллер понимает, какая судьба их ждет среди изголодавшихся по женщинам солдат. Хватит ли ему силы духа пожертвовать одними ради спасения других?

В декабре 2010 года было объявлено о начале производства фильма, и в том же месяце началась подготовка к съемкам. Они начались в Нанкине 10 января 2011 года. Примерно 40% диалогов фильма звучат на английском языке, а остальные 60% – на мандаринском диалекте китайского (особенно на нанкинском диалекте, отличном от стандартного китайского) и японском. Ориентировочный бюджет фильма составил 94 миллиона долларов, что сделало его самым дорогим фильмом в истории китайского национального кинематографа.

Чтобы фильм отличался от более ранних изображений этих событий, Чжан Имоу попытался изобразить японских захватчиков в несколько неоднозначном свете. Что касается симпатичных черт полковника Хасэгавы, он объяснил, что «в 1937 году в японских армиях были очень распространены милитаристские представления, и офицерам не разрешалось петь полные тоски по дому народные песни, но мы все же хотели наделить этого персонажа чем-то особенным». Режиссер заявил, что его самым большим, хотя и сложным достижением в фильме стало создание характера Джона Миллера, сказав, что «такой персонаж, иностранец, бродяга, почти головорез, становится героем и спасает жизни китайцев. Этого никогда не случалось в китайском кинопроизводстве, и я думаю, что это никогда не повторится в будущем».

Изначально фильм назывался «13 цветков Нанкина», но 9 сентября 2011 года фильм был переименован в «Цветы войны» после 20-минутного тестового просмотра на Международном кинофестивале в Торонто, проведенного для известных американских кинопрокатчиков и представителей СМИ.

Фильм запрещен к показу и распространению в Японии.

Фильм собрал более 310 миллионов долларов в прокате в Китае, что сделало его самым кассовым фильмом в истории Китая.

Фильм был полностью сделан за 164 дня, причем каждая смена длилась по 18 часов. Одной из главных причин такой затянутости были очень длительные переговоры с органами китайской цензуры в процессе монтажа.

Кристиана Бейла на главную роль рекомендовал Стивен Спилберг.

Это второй фильм, полностью профинансированный Китаем, главную роль в котором исполнила звезда Голливуда. Первым стал фильм Дэйяна Эна «Неотделимый» с Кевином Спейси в главной роли.

Фильм был выдвинут Китаем на 84-ую премию «Оскар» в 2012 году в категории «Лучший фильм на иностранном языке», но не вошел в шорт-лист. Он также был номинирован на 69-ю премию «Золотой глобус».

Выпущенная позже телеадаптация этого фильма была снята в тех же декорациях, которые находятся в китайской провинции Цзянсу.

В 2011 году режиссер Имоу Чжан выбрал палестинского режиссера Аннамари Ясир в качестве своей протеже и пригласил ее работать с ним на съемочной площадке во время съемок фильма, а также во время монтажа и на пост-продакшене.