Проснувшись в лифте, ничего не помня о своем прошлом, Томас попадает в антиутопический мир, в котором тридцать мальчиков-подростков, все – без воспоминаний, научились выживать в соответствии со придуманными ими же правилами в полностью замкнутой среде.

В это место – «Приют» – каждый месяц прибывает новый мальчик. Старожилы находятся на ней уже три года, пытаясь найти способ сбежать через Лабиринт, который окружает их жилое пространство. Выбраться им мешают патрулирующие Лабиринт монстры-киборги, которых дети зовут гриверами.

Мальчики уже начинают терять надежду, когда вдруг в «Приюте» появляется загадочная девушка, в руке которой они находят записку “эта последняя”.

С появлением Терезы все меняется. Дети полны решимости выбраться из Лабиринта, раскрыть тайны своего прошлого и отомстить тем, кто обрек их на заключение.

Томас Броди-Сангстер, исполнитель роли Ньюта, специально клал камни себе в ботинок, чтобы не забывать хромать. Он также стал единственным из британского каста фильма актером, оставившим акцент своему персонажу.

Создатели фильма не проверяли физические способности актеров (то есть не заставлять их бегать или прыгать), пока дело не дошло до съемок.

За неделю до съемок актеры участвовали в тренировках по выживанию в лабиринте. Они узнали, как сооружать инструменты и укрытия из природных материалов.

Прическа Дилана О'Брайена чуть не стоила ему роли Томаса, потому что режиссер Уэс Болл подумал, что она выглядит слишком “по-MTVшному”. Болл передумал, когда ему прислали фотографию О'Брайена без геля для волос. В итоге актер прочитал роман-первоисточник всего за четыре дня до начала съемок.

Многие имена персонажей взяты из исторических личностей, и большинство из них - от изобретателей, математиков, философов или ученых, чтобы проиллюстрировать их интеллект (который был основным элементом сюжета в романе): Томас (Томас Эдисон), Алби (Альберт Эйнштейн), Ньют (Исаак Ньютон), Чак (Чарльз Дарвин), Галли (Галилей), Тереза (Мать Тереза), Уинстон (Уинстон Черчилль) и Бен (Бенджамин Франклин). Только Минхо назван не в честь кого-то известного и умного, а по имени корейского мужа племянницы автора.

Персонаж Дилана О'Брайена в сериале «Волчонок» находился без сознания большую часть эпизода «Лунное затмение». Это было сделано для того, чтобы актер смог закончить съемки «Бегущего в лабиринте».

Любимый день Кайи Скоделарио на съемочной площадке был, когда она провела всю смену день на верхушке дерева с О'Брайеном. Ей понравилось, что тогда они смогли провести много времени вместе и лучше узнать друг друга. Любимым эпизодом самого О'Брайена была сцена борьбы с Уиллом Поултером.

Режиссер Уэс Болл изначально представил «Бегущего в лабиринте» как фильм, в котором книга «Повелитель мух» встречается с сериалом «Остаться в живых». А в качестве визуального рефренса он использовал фильмы Терренса Малика, поскольку хотел создать зрелый, неоднозначный взгляд на фильм.

Чтобы подготовиться к съемкам, режиссер Уэс Болл попросил актеров провести ночь на съемочной площадке лабиринта, где на ночь был разбит лагерь.

Продюсерам пришлось нанять змееловов, чтобы убедиться, что на съемочных локациях не будет змей. Перед началом съемок змееловы обнаружили 25 ядовитых змей. Самой крупной из них была гремучая змея.

Чтобы получить роль Чака, актер Блейк Купер провел целую кампанию по прослушиванию через твиттер. Он отправлял режиссеру Уэсу Боллу твит за твитом, в которых говорилось, что он создан для этой роли. В конце концов Болл уступил и сказал Куперу, чтобы тот отправлялся на прослушивание к директору по кастингу. Директор заявил, что Купер станет идеальным Чаком.