За запрещенные эксперименты по внедрению души в труп арестовывают студента Джона Уотсона. Вместо тюрьмы его отправляют на спецоперацию в Афганистан, который захватили оживленные мертвецы.

В альтернативной Европе 19-го века созданы гомункулы – живые трупы с искусственной душой, работающие на людей. Начинающий инженер Джон Уотсон мечтает воскресить своего умершего друга и тоже вживить в него душу. Ему удается это сделать, но за незаконным экспериментом его застают члены Британской секретной службы, которые грозят арестом. Видя, что парень умен, они предлагают ему сделку: стать агентом службы разведки и выполнить важное задание.

Вместе со своим воскресшим другом по имени Пятница Джон Уотсон отправляется в путешествие и видит, что живые мертвецы вышли из-под контроля. Ему предстоит встретиться с русским инженером Алексеем Карамазовым, найти заметки Виктора Франкенштейна и понять, насколько опасна эта технология и как на самом деле хрупка душа человека.

«Империя мертвых» – запутанное аниме, содержащее в себе много исторических и литературных отсылок. Герои романа Достоевского «Братья Карамазовы», британские сыщики Доктор Уотсон и Шерлок Холмс, Пятница из «Робинзона Крузо» – все они предстают здесь в новых обличьях.