В заповеднике, где разворачивается действие мультфильма, ловля рыбы строжайше запрещена. Прежнюю нарушительницу, Щуку, поймали и посадили в школьный аквариум. Больше рыбкам в водоеме ничего не угрожает. Однажды сторожа-бобры обнаруживают на берегу рыбьи кости. Значит, кто-то снова повадился в заповедные воды за свежей рыбкой. Вскоре бобры выясняют, что злоумышленник нарочно оставляет на месте преступления следы, указывающие на других животных. Герои полны решимости узнать, кто же на самом деле этот нарушитель.

• «Бобры идут по следу» – продолжение мультфильма «Бобры идут по следу», снятого в 1968 году. 
• Режиссер мультфильма Михаил Каменецкий прославился как мастер объемно-кукольной мультипликации. Среди других его работ – «Заветная мечта» (1972), «Самый маленький гном» (1977), «Волк и теленок» (1984).
• Георгий Вицин, озвучивший Бобра-учителя, также подарил свой голос персонажам-бобрам в мультфильмах «Первый автограф» и «Каникулы в Простоквашино» (оба анимационных фильма вышли в 1980 году). 
• Анатолий Папанов, который озвучил в «Бобрах…» злодея Рака, в финале мультфильма произносит: «Ну, погодите!» Дело в том, что голосом Папанова говорит плохиш Волк в мультипликационном сериале «Ну, погоди!».