Юэн Макгрегор родился 31 марта 1971 года в городе Крифф, Шотландия, в семье учителей Джеймса Чарльза Стюарта Макгрегора и Кэрол Диана Лоусон. Семья Юэна принадлежит к известному старинному шотландскому клану Макгрегоров. У Юэна есть старший брат Колин, который сейчас работает пилотом ВВС Великобритании. Его дядя – актер Дэнис Лоусон. Еще в раннем детстве Макгрегор интересовался актерским мастерством и участвовал в школьных театральных постановках. Во время своей учебы в школе он был участником школьного оркестра, играл на валторне и барабанах. Юэн всерьез стал мечтать о карьере актера в возрасте девяти лет, вдохновившись работами его дяди. Когда Макгрегору исполнилось 16, он стал переживать из-за того, что его брать намного успешнее его, и принял решение уехать от семьи, чтобы стать актером. Он пытался поступить в Королевскую академию драматического искусства, но попал в Школу музыки и драмы Гилдхолла.
Свою первую, хоть и небольшую роль в кино Макгрегор сыграл в 1993 году. Это была драма «Быть человеком», где ему досталась роль моряка-португальца. После этого он появился еще в ряде фильмов, пока в 1995 году ему не досталась роль Марка Рентона в экранизации книги Ирвина Уэлша «На игле». Режиссером этого уже культового фильма, рассказывающего о буднях наркоманов из Эдинбурга, стал Дэнни Бойл. Картина получила не только хорошие отзывы критиков и зрителей, но и завоевала ряд престижных кинонаград. Спустя несколько лет режиссер захотел снять сиквел фильма, но Юэн отказался, и проект заморозили. Вторая часть фильма была снята лишь в 2016 году и получила название «Т2: Трэйнспоттинг».
После «На игле» карьера Юэна пошла в гору. Он снялся в драме «Интимный дневник», в мелодраме «Эмма», комедии «Дело – труба» и сериале «Байки из склепа». Не все работы Макгрегора можно назвать удачными. Например, фильмы «Поцелуй змея», «Ночное дежурство» и «Жизнь хуже обычной» не получили восторженные отзывы и не запомнились зрителям.
В 1998 году Юэн снялся в провакационной картине «Бархатная золотая жила» вместе с Джонатаном Рис-Майерсом. Их герои стали прототипами Дэвида Боуи и Игги Попа, а лента прокатилась по семи кинофестивалям, в том числе и Каннскому.
В 1999 году Юэн получил роль джедая Оби-Вана Кеноби в первом эпизоде трилогии Джорджа Лукаса «Звёздные войны. Эпизод I: Скрытая угроза». По сюжету Оби-Ван был наставником Энакина Скайуокера. Через два года вышло продолжение саги – «Звёздные войны. Эпизод II: Атака клонов», где Макгрегор вновь вернулся к своему образу. В 2005 вышла третья часть франшизы. Фильмы собрали огромную кассу по всему миру, а значение саги «звездные войны» для поклонников переоценить просто невозможно.
На пике своей славы Юэн получил главную роль в мюзикле «Мулен Руж!», где сыграл вместе с Николь Кидман. Трагическая история любви на фоне Парижа собрала десятки кинонаград, а заглавная песня фильма Come What May, записанная исполнителями главных ролей, была номинирована на «Золотой Глобус» и выпущена отдельным синглом. Всего Юэн записал 8 композиций к фильму, однако критики без восторга отнеслись к его вокальным данным. Тем не менее, фильм стал одним из фаворитов 2001 года и по сей день входит в топ-листы голливудских картин.
В том же году Юэн снялся в военной драме Ридли Скотта «Черный Ястреб», которая получила положительные отзывы. В последующие годы МакГрегор снялся во множестве успешных картин. В их числе «К черту любовь!», «Молодой Адам», «Крупная рыба», «Безумный спецназ», «Я люблю тебя, Филлип Моррис» и многих других.
Юэн Макгрегор был примерным семьянином. Со своей супругой, французской художницей Ив Мавракис, он познакомился в 1994 году на съемках сериала «Кавана». Они поженились в 1995 году в Англии, а затем переехали в Лос-Анджелес. Пара воспитывает четырех дочерей: Клару Матильду, Эстер Роуз, Анук и удочеренную в 2006 девочку из Монголии, Джамиан.
В 2017 году Юэн и его супруга шокировали всех новостями о разводе. Причиной распада семьи стала коллега МакГрегора по сериалу «Фарго» Мэри Элизабет Уинстед. Сначала актер не подтверждал роман со своей партнершей по сериалу, однако позже их стали постоянно видеть вместе, и скрывать роман звезды перестали. Общественность резко осудила Юэна, а Уинстед в итоге не выдержала давления и рассталась с ним.