Мария Машкова появилась на свет 19 апреля 1985 года в Новосибирске в семье известного российского актера Владимира Машкова и актрисы театра и кино Елены Шевченко. Родители Маши развелись, когда ей было два года, а мама вскоре вышла замуж за студента факультета режиссуры Игоря Лебедева. У Маши родились два брата.
Маша с детства жила между двумя городами: то с бабушкой и дедушкой в Сибири, то у мамы в столице. Уже в ранние годы девочке был доступен мир театрального закулисья, однако знаменитая мать не желала дочери актерской судьбы. С отцом поддерживать связь почти не удавалось, однако и сама Маша, и Елена отзываются о нем только в положительном ключе.
Будучи первоклассницей, Маша впервые вышла на театральные подмостки в спектакле «Виктория». В нем были задействованы такие известные советские актеры, как Армен Джигарханян и Наталья Гундарева. Через четыре года состоялся и дебют Машковой в кино. Она сыграла роль Лавинии в экранизации детского романа Фрэнсис Бернетт «Маленькая принцесса».
Мария окончила театральный институт им. Щукина, предварительно приняв решение не поступать в учебные заведения, где учились ее родители. Ей казалось, что их слава затмит ее способности в глазах педагогов. Еще в студенческие годы Машкова приняла участие в съемках нескольких кинокартин, но большая популярность пришла к девушке после работы в многосерийном проекте телеканала СТС «Не родись красивой» в 2005 году.
Мария дважды была замужем: первый раз за актером Артемом Семакиным, которого она повстречала на съемках вышеупомянутого сериала. Брак просуществовал четыре года. Вторым мужем Машковой стал сын знаменитого музыканта Александр Слободняк. От него Мария родила двух дочерей. Спустя два года семья тоже распалась.