Ян Цапник появился на свет 15 августа 1968 года в городе Иркутске в актерской семье. Его отец Юрий Цапник – театральный актер, получивший звание Народного артиста. Мать являлась профессиональной легкоатлеткой.
Ян с раннего возраста штурмовал театральные подмостки. Кроме получения основного образования он учился играть на скрипке и занимался спортом. Цапник не сразу поступил в столичный театральный университет, поэтому стал учиться в Свердловске. Уже спустя первый год студенческой жизни ему предложили исполнить роль Гоши в мелодраматической картине «Ищу друга жизни», а почти сразу после окончания проекта призвали на службу.
После дембеля Ян отправился в Ленинград и поступил в местный театральный институт на курс Владимира Петрова, после чего вошел в состав одного из питерских театров, где часто появлялся в классических постановках. Однако в 2005 году театральная карьера актера окончилась.
Широкую узнаваемость приобрел благодаря воплощенному образу бизнесмена Артура в криминальной саге «Бригада» в 2002 году, после чего стал востребован в киноиндустрии на долгие годы.
Актер три раза связывал себя узами брака. Первые две жены были театральными актрисами, браки быстро заканчивались. Это время Ян не любит вспоминать. Третью супругу Галину он повстречал в 30 лет. Она подарила Цапнику дочь Лизу.