Андрей Чернышов родился 3 февраля 1973 года в Киеве. Его родители были учителями: отец — директором школы, мама — математиком. Мальчик отлично учился и увлекался спортом. Когда Андрей был в старшей школе, семья переехала из украинской столицы в провинцию России. Он долго не знал, чем заняться в глухом городке. Отдушиной для подростка стали занятия в школьном театре «Зеленая карета». Начав их посещать «от нечего делать», он быстро втянулся и по-настоящему загорелся искусством.
После окончания школы Чернышов решил продолжить актерскую карьеру и поступил в Высшее театральное училище имени Щепкина. Уже во время учебы состоялся его кинодебют с небольшой ролью в фильме «Письма в прошлую жизнь». После окончания вуза Андрей поступил в театр «Ленком», где прослужил целых 12 лет. Параллельно с этим актер появлялся и на экране. После ряда эпизодических ролей первый успех настиг Чернышова с участием в телепроекте «Бальзаковский возраст, или Все мужики сво…». Благодаря ему за актером закрепилось амплуа героя-любовника в отечественном кинематографе.
Андрей Чернышов много лет живет в гражданском браке с актрисой Марией Добржинской, которая младше актера на 11 лет. Звездная пара долгие годы тщательно скрывала свои отношения.