Эдуард Флеров родился 22 ноября 1966 года в городе Красноярске. Его родители были учеными и педагогами. Мальчик рос в интеллигентной среде и даже не помышлял об актерской судьбе. Он обожал футбол, играя в него с детства, а вот школу окончил со средними отметками. После получения аттестата долго работал в самых различных сферах – от доставщика почты до токаря на заводе. В юные годы будущий актер даже успел отвести под венец избранницу, которая родила ему сына, но брак быстро распался.
После развода Флеров рискнул и стал студентом РГИСИ, откуда вышел с дипломом в 25 лет. Юноша долго играл роли второго плана и использовал любые возможности для заработка. Это было непросто: киноиндустрия и театральный мир Петербурга в те годы переживали сложные времена. Через одиннадцать лет Флеров решил штурмовать столицу. Здесь актерский потенциал Флерова уже в солидном возрасте начал постепенно раскрываться. В 2003 году его взяли в состав театра «Практика». Он проработал в нем несколько лет, но впоследствии все же предпочел кинематограф, хотя о театре вспоминает не без грусти.
В 2007 году ему досталась эпизодическая, но яркая роль в исторической картине «Слуга государев». Далее киноработ становилось все больше, а второстепенных ролей все меньше. После участия в сериале «Меч» Флеров получил широкое признание и большую зрительскую любовь.
В Красноярске у Флерова остался его сын Максим и внучка Милана. Актер обожает девочку и как можно чаще старается ездить навестить семью на малую родину. О своей собственной личной жизни он умалчивает. Известно, что Эдуард по натуре отшельник и любит, отключив телефон, побыть в одиночестве.