После смерти приёмного отца, юный Сиро Эмия остался один в огромном поместье. К 16 годам он вырос добрым, трудолюбивым и домовитым, и потому был окружён заботой двух близких девушек — школьной подруги Сакуры Мато и учительницы Таиги Фудзимуры, которая формально была его опекуном, но скорее выполняла роль старшей сестры. Однако всё изменилось, когда Сиро узнал, что его родной город Фуюки стал ареной магической битвы за Святой Грааль, которая происходит раз в несколько поколений. Но в этот раз мир ускорился, и хотя с последней войны прошло всего 10 лет, новая битва уже на пороге.