Когда-то человечество пережило опустошающую войну с гигантской инопланетной расой Зентради. После этой битвы человечество оказалось на грани вымирания, и единственным выходом стало освоение космоса. Спустя годы после катастрофы люди уже успели исследовать все уголки вселенной. В 2059 году гигантский Иммиграционный Флот, в составе которого находится корабль Макросс Фронтир, движется к центру галактики. В один из дней на борту появляется поп-звезда Шерил Ном для проведения концерта. Но неожиданно возникает угроза — поступает информация о приближении вражеского флота, сметающего все военные преграды на пути. Ситуация становится критической, и объявляется боевая тревога, однако несмотря на все усилия, вражеские корабли продолжают наступление на гражданские суда.