Действие аниме-сериала «Мегатон Мусаси» разворачивается в постапокалиптическом мире после уничтожения большей части человечества инопланетянами. Немногие выжившие люди скрываются в Убежище и живут в виртуальной вселенной, не догадываясь о том, что происходит в это время в реальности. Три друга-подростка случайно знакомятся с членами Сопротивления и узнают о том, что привычный для них мир – не настоящий. Тогда они решают выйти в реальность и присоединиться к войне против захватчиков.
