События разворачиваются в будущем на территории конгломерата Токио-Иокогама, где власть отведена крупным корпорациям. В центре сюжета оказывается профессиональный компьютерный взломщик по имени Генри Кейс, который способен получить доступ к любому сетевому ресурсу. Однажды он вступает в конфликт с влиятельными людьми и наживает немало проблем. После столкновения с гангстерами Кейс не может входить в матрицу, а видит только пиксели вместо обычных изображений.
