Во 2-м сезоне сериала «Никита» Никита и Майкл замышляют избавиться от надзора и уничтожить «Подразделение». Они собираются использовать для этого содержимое черного ящика. Во главе «Подразделения» стоит Аманда, так что у них есть небольшая фора, чтобы привести в действие свой план. Однако выясняется, что за Амандой тайно приглядывает агент главного офиса по имени Шон. Чтобы не разочаровать высшее руководство, женщина должна отобрать у Никиты ящик. За помощью она обращается к Алексу – единственному, кто может противостоять лучшему рекруту системы. Майкл находит неожиданных союзников.