В центре событий оказываются талантливый молодой человек по имени Эдвард и его младший брат Альфонс. Они оба жадно увлечены алхимическими экспериментами и достигают весьма заметных успехов на этом поприще. Когда их мать погибает, мальчики пытаются воскресить ее при помощи своего дарования, но попытки не увенчаются успехом. В результате Эдвард теряет две из своих конечностей и едва успевает помочь Альфонсу, привязав его душу к стальным доспехам. Теперь герои должны отыскать философский камень, чтобы вернуть свои тела.