В 1-м сезоне сериала «Шифр» главным действующим лицом этой истории становится талантливый дешифровщик. В ходе специальной операции сотрудники ФБР обнаружили загадочный код: с таким агенты Бюро не имели дела прежде. Чтобы понять смысл находки, руководство попросило о помощи Уилла, профессионального криптоаналитика. У него имеются свои скелеты в шкафу, связанные с темным прошлым. Главный герой выясняет, что все строки шифра — это даты смерти, а сам документ — большой список потенциальных жертв. Тем временем причастные к операции начинают гибнуть один за другим. В спецслужбе царит чудовищная атмосфера, где все находятся под подозрением.