События разворачиваются после завершения Второй мировой войны в Японии. В это время в Стране восходящего солнца открывается агентство, деятельность которого направлена на предотвращение террористических операций и борьбу с экстремистами в Тихоокеанском регионе. Миссия важнейшая, поэтому в агентстве работают только профессионалы своего дела. Кого Япония могла пригласить на работу в такую корпорацию? Конечно ниндзя! Сначала организация работала только в этой стране, но постепенно их влияние росло...