В 3 сезоне сериала «Легион» с момента последних событий проходит несколько лет. Главный герой окончательно покидает третий дивизион и решает основать собственный культ вместе со своей давней приятельницей Ленни. Со временем к ним присоединяются и другие мутанты. Впрочем, представители третьего дивизиона продолжают преследовать Хэллера, но тот успешно уворачивается от их атак. С помощью своей новой знакомой Дэвид получает возможность путешествовать между временными линиями. Так он узнает много нового о своем детстве и родителях.