В 1 сезоне «Врага внутри» дело разворачивается вокруг ЦРУ; нас знакомят с бывшим агентом управления Эрикой Шепард, ныне отбывающей срок в федеральной тюрьме за измену. ФБР и его сотруднику Уиллу Китону необходимо заключить с ней сделку и нанять своим помощником, ведь она близко знакома с преступником, который теперь враг номер один для Америки. Китон нужно научиться доверять Шепард, ведь у них обоих есть мотивы поймать врага.