Во 2 сезоне сериала «Секретные материалы» после гибели информатора отдел закрывают, а Малдер возвращается к обязанностям рядового агента. Однако эта работа быстро ему надоедает. Он хотел бы заниматься чем-то более серьезным и существенным. К тому же Малдера не покидает ощущение, что за ним установлена слежка. Затем выясняется, что Скалли оказывается похищена пришельцами с другой планеты. Вместо нее некоторое время с Малдером ведет дела юный агент Алекс Крайчек. Мужчины занимаются расследованием загадочных случаев, часто связанных со вмешательством представителей инопланетной расы.